Det ældste inventar i kirken er det store krucifiks, der hænger i korbuen. Det er fra 1300-tallet og meget særpræget. Korstræet er grønt, fordi det er “livets træ”. Kristus-figuren har åbne øjne og et såkaldt indisk eller mystisk smil, armene hænger lige ud og figuren har ikke noget påfaldende lidende præg. Sammenlign med det lille krucifiks fra omkring 1500, der hænger på nordvæggen i koret. Dette “ikke lidende” har engang været endnu mere fremtrædende, idet en lille kile i figurens hals viser, at hovedet oprindelig ikke har hældt til siden. Det er en hel kulturkamp, vi kan aflæse på dette krucifiks. Vore forfædre har ikke rigtig “kunnet klare” den lidende Kristus, men da han så har hængt der nogen tid og hjerterne var blevet lidt mere bløde, så har man sat kilen i halsen for at få hovedet til at hælde. Der er i øvrigt nogle der mener, at modellen til denne Kristusfigur skulle være den hellige Frans af Assisi, grundlæggeren af den ene af de to store tiggermunkeordener. Den hellige Frans var nærmest, hvad man kunne kalde, et idol i senmiddelalderen.

Kalkmalerierne er fra omkring 1425. I koret er der på østvæggen, noget trykket af altertavlen, en domsscene med Kristus i en mandorla. Ellers er der i koret scener fra julens evangeliefortællinger.

I det østligste hvælv i kirkeskibet er der scener fra påsken og i det midterste hvælv er der to billedkredse, en forneden der illustrerer verdensdommen og en foroven med nogle frygtelige tegn, der skal gå forud for verdens undergang. Disse frygtelige tegn bygger på en middelalderlig fortællekreds, som så igen bygger på synerne i Johannes åbenbaring. Billedkredsen er enestående for en dansk kirke. Grunden til at der er disse dystre billeder er måske det frygtelige man havde oplevet, da pesten “den sorte død”, hærgede Europa og mange steder gjorde hele egne folketomme. Vi ved det ikke, men vi har da lov at gætte.

Det vestligste hvælv er overvejende udsmykket med ranker og blade. Dog er der over den nuværende udgangsdør til tårnrummet en dåbscene, som har haft forbindelse til den oprindelige placering af døbefonten hernede i kirkens vestende ved mændenes og kvindernes indgangsdøre i henholdsvis syd og nord. 

For en detaljeret gennemgang af kalkmalerierne se: Politikens “Jeg ser på kalkmalerier” side 190-191.  (Udg. 1970, side 190-191).

Altertavlen er fra 1601 i højrenaissancestil. Hovedindtrykket af den er, at den er meget prangende med guld og frugter, søjler, engle, fugle og kvindefigurer. Den er formodentlig udført af Bertel Snedker i Vordingborg og givet af lensmanden i Vordingborg, Henrik Lykke og hans hustru Karen Banner. Deres våbenskjolde hænger nederst på tavlen henholdsvis i venstre og højre side.

Øverst oppe i trekanten på tavlen ses Gud Fader, der modtager Kristus, der står op fra de døde med et korsfane eller sejrsfane i hånden. Nedenunder er der seks kvindefigurer i blå felter. De symboliserer dyderne, tro, fromhed, retfærdighed, håb, kærlighed, klogskab (øverste række fra venstre - - -).

De fire af disse kvindefigurer skal oprindelig have stået på en lydhimmel, der engang har været over prædikestolen. Før kvindefigurerne blev anbragt på altertavlen, var der skriftord i de blå felter. Det var jo en af reformationens idéer at få de ugudelige katholske billeder ud af kirken. De to fugle på altertavlen, pelikanen til højre, der fodrer sine unger med kød fra sit eget bryst, symboliserer kærligheden og Fugl Fønix til venstre, der brænder og igen opstår af sin egen aske, symboliserer det evige liv.

Prædikestolen er fra omkring år 1600. De fem figurer på den er skåret af Abel Schrøder. De forestiller i midterfeltet Kristus, der holder jorden hvori der er plantet et kors, i sin hånd, og i de fire andre felter de fire evangelister, Matthæus med englen som symbol, Markus med løven, Lukas med oksen og helt omme ved vinduet Johannes med ørnen.

Døbefonten er fra 1622 og hugget i sandsten af Christian den fjerdes hofbilledhugger Hans Brochmann. Rundt om foden er der fire siddende statuetter af evangelisterne.

Orglet er anskaffet i 1969 og er lavet af orgelbygger Carsten Lund, Holte. Det har 11 stemmer.

I våbenhuset er der i maj 1983 ophængt en præstetavle, der er malet af konservator Ole Buch, København. Siden reformationen har der i Sværdborg sogn været 24 præster, en af dem har kun været her et eneste år, nogle har været her i mere end 35 år. Den første af dem, Jacob, var måske en katholsk præst, der har fået valget mellem at gå over til lutherdommen eller at rejse bort. Præsterne fra den katholske tid kender vi ikke navnene på.

I forbindelse med at Svend Povelsen bekæmpede fjenden i Vordingborg len i 1658 hørte han, at der var indkvarteret en mængde svenskere i Sværdborg præstegård. Han red derned med sine folk, omringede gården og tog 24 mand til fange, som blev ført ud i skoven og gjort kaput. Herefter fortsatte de til blandt andet Snesere præstegård, hvor to kvartermestre og seks ryttere blev skudt.